El sector farmacéutico se encuentra en un entorno muy regulado en todos los ámbitos de su actuación y en permanente evolución legislativa, por ello, Farmaindustria ha de velar por la adecuada interpretación y aplicación de las normas legales en todo lo relacionado con su actividad y especialmente con el medicamento. Está dotada de unos Órganos de representación cuyo funcionamiento democrático permite la toma de decisiones ajustadas a la Ley y al interés de los pacientes, Instituciones y empresas, para lo que cuenta con un asesoramiento jurídico permanente desde la Secretaría General.
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La Secretaria General de Farmaindustria, que engloba los Departamentos Jurídico y de RRHH, tiene como función esencialprestar asesoramiento jurídico y apoyo a la Dirección General y a los Órganos de Gobierno, supervisando la correcta ejecución de los acuerdos adoptados conforme a la legislación vigente, velando, a su vez, por el cumplimiento de las Normas y respeto de la competencia entre las empresas farmacéuticas innovadoras. El entorno en el que se desenvuelve la industria farmacéutica exige una interlocución permanente con las Administraciones Públicas y Tribunales, trasladándoles asimismo, a través de la Secretaría General, alegaciones, propuestas, cuestiones e interpretaciones jurídicas tanto de los tribunales nacionales como del TJUE en el ámbito del medicamento y actividad de las empresas asociadas. Desde el Departamento se hace un seguimiento exhaustivo de la legislación, tanto a nivel europeo, nacional y autonómico. Por último, hay que destacar que el Sistema de Autorregulación de la Industria Farmacéutica desempeña un papel muy importante, en el que la misión del Departamento Jurídico es doble, no sólo de asesoramiento sino de encomienda de gestión tanto de la Secretaria de la Comisión Deontológica como de la Secretaría del Comité de Seguimiento del Código Tipo de Protección de Datos Personales (Ensayos Clínicos y Farmacovigilancia) que residen en dicho Departamento.
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