El Gobierno de la Asociación corresponde a la Junta Directiva, que está compuesta por el Presidente de la Asociación y 34 representantes de empresas asociadas, y a un Consejo de Gobierno, constituido por el Presidente, 11 Vicepresidentes y 12 vocales designados por la Junta Directiva de entre sus miembros. La composición de ambos órganos de gobierno es la siguiente:
Consejo de Gobierno
Presidente

Jesús Ponce
Vicepresidentes
Dº. Juan López-Belmonte
ROVI, S.A., LABORATORIOS FCOS.
Dª Lidia Martín
ALMIRALL, S.A.
D. David Solanes
ERN, S.A., LABORATORIOS
D. Francisco Quintanilla
FAES FARMA, S.A.
D. Bernardo Kanahuati
BAYER HISPANIA, S.L.
Dª. Cristina Henríquez de Luna
GLAXOSMITHKLINE, S.A.
D. Nabil Daoud
LILLY, S.A.
D. Sergio Rodríguez
PFIZER, S.L.U.
D. Roberto J. Úrbez
BRISTOL-MYERS SQUIBB, S.A.
D. Federico Plaza
ROCHE FARMA, S.A.
Dª. Margarita López-Acosta
SANOFI-AVENTIS, S.A.
D. Sergi Aulinas
GEBRO PHARMA, S.A., LABORATORIOS
Vocales
D. Ignasi Biosca
REIG JOFRE, S.A., LABORATORIO
D. Jordi Muntañola
ESTEVE PHARMACEUTICALS, S.A.
D. Ricardo Jorge Castrillo
FERRER INTERNACIONAL, S.A.
D. Peter Plöger
BOEHRINGER INGELHEIM ESPAÑA, S.A.
Dª. Aurora Berra
IPSEN PHARMA, S.A.U.
D. Juan Carlos Aguilera
FERRING, S.A.U.
D. Giuseppe Chiericatti
CHIESI ESPAÑA, S.A.U.
D. Rick Suárez
ASTRAZENECA FARMACEUTICA SPAIN, S.A.
Dª. Ana Argelich
MERCK SHARP & DOHME DE ESPAÑA, S.A.
Dª Fina Lladós
AMGEN, S.A.
D. Felipe Pastrana
ABBVIE SPAIN, S.L.U.
Junta directiva
Presidente
NOVARTIS FARMACEUTICA, S.A.
D. Jesús Ponce
Vicepresidentes
ROVI, S.A., LABORATORIOS FCOS.
D. Juan López-Belmonte
ALMIRALL, S.A.
Dª. Lidia Martín
BAYER HISPANIA, S.L.
D. Bernardo Kanahuati
FAES FARMA, S.A.
D. Francisco Quintanilla
ERN, S.A., LABORATORIOS
D. David Solanes
SANOFI-AVENTIS, S.A.
Dª. Margarita López-Acosta
GEBRO PHARMA, S.A.
D. Sergi Aulinas
GLAXOSMITHKLINE, S.A.
Dª. Cristina Henríquez de Luna
ROCHE FARMA, S.A.
D. Federico Plaza
BRISTOL-MYERS SQUIBB, S.A.
D. Roberto J. Úrbez
LILLY, S.A.
D. Nabil Daoud
PFIZER, S.L.U.
D. Sergio Rodríguez
Vocales
ESTEVE PHARMACEUTICALS, S.A.
D. Jordi Muntañola
FERRER INTERNACIONAL, S.A.
D. Ricardo Jorge Castrillo
REIG JOFRE, S.A., LABORATORIO
D. Ignasi Biosca
FARMASIERRA, S.L., GRUPO
D. Tomás Olleros
RUBIO, S.A., LABORATORIOS
D. Carlos Rubió
VIÑAS, S.A., LABORATORIOS
D. Antonio Buxadé
BOEHRINGER INGELHEIM ESPAÑA, S.A.
D. Peter Plöger
MERCK, S.L.
D. Manuel Zafra
IPSEN PHARMA, S.A.U.
Dª. Aurora Berra
FERRING S.A.U.
D. Juan Carlos Aguilera Rodríguez
TAKEDA FARMACÉUTICA ESPAÑA, S.A.
D. Juan José Francisco Polledo
CHIESI ESPAÑA, S.A.U.
D. Giuseppe Chiericatti
LABORATORIOS MENARINI, S.A.
D. Ignacio González
ASTRAZENECA FARMACEUTICA SPAIN, S.A.
D. Rick Suárez
GLAXO WELLCOME, S.A.
D. Guillermo de Juan
ARTIS PHARMA, S.L.
Dª. Natividad Calvente
ABBVIE SPAIN, S.L.U.
D. Felipe Pastrana
AMGEN, S.A.
Dª. Fina Lladós
BIOGEN SPAIN, S.L.U.
D. Christiano Silva
JANSSEN CILAG, SA.
D. Luis Díaz Rubio
MERCK SHARP & DOHME DE ESPAÑA, S.A.
Dª. Ana Argelich
MUNDIPHARMA PHARMACEUTICALS, S.L.
D. Javier Barreiro