El Gobierno de la Asociación corresponde a la Junta Directiva, que está compuesta por el Presidente de la Asociación y 34 representantes de empresas asociadas, y a un Consejo de Gobierno, constituido por el Presidente, 11 Vicepresidentes y 12 vocales designados por la Junta Directiva de entre sus miembros. La composición de ambos órganos de gobierno es la siguiente:
Consejo de Gobierno
Presidente

Jesús Ponce
Vicepresidentes
Dª Lidia Martín
ALMIRALL, S.A.
Dª Fina Lladós
AMGEN, S.A.
D. Bernardo Kanahuati
BAYER HISPANIA, S.L.
D. Roberto J. Úrbez
BRISTOL-MYERS SQUIBB, S.A.
D. David Solanes
ERN, S.A., LABORATORIOS
D. Francisco Quintanilla
FAES FARMA, S.A.
D. Sergi Aulinas
GEBRO PHARMA, S.A., LABORATORIOS
Dª. Cristina Henríquez de Luna
GLAXOSMITHKLINE, S.A.
D. Nabil Daoud
LILLY, S.A.
D. Federico Plaza
ROCHE FARMA, S.A.
D. Juan López-Belmonte
ROVI, S.A., LABORATORIOS FCOS.
Dª. Raquel Tapia
SANOFI-AVENTIS, S.A.
Vocales
D. Felipe Pastrana
ABBVIE SPAIN, S.L.U.
D. Rick Suárez
ASTRAZENECA FARMACEUTICA SPAIN, S.A.
D. Peter Plöger
BOEHRINGER INGELHEIM ESPAÑA, S.A.
D. Giuseppe Chiericatti
CHIESI ESPAÑA, S.A.U.
D. Jordi Muntañola
ESTEVE PHARMACEUTICALS, S.A.
D. Ricardo Jorge Castrillo
FERRER INTERNACIONAL, S.A.
D. Juan Carlos Aguilera
FERRING, S.A.U.
Dª. Aurora Berra
IPSEN PHARMA, S.A.U.
D. Luis Díaz Rubio
JANSSEN CILAG, S.A.
Dª. Ana Argelich
MERCK SHARP & DOHME DE ESPAÑA, S.A.
D. Ignasi Biosca
REIG JOFRE, S.A., LABORATORIO
Junta directiva
Presidente
NOVARTIS FARMACEUTICA, S.A.
D. Jesús Ponce
Vicepresidentes
ALMIRALL, S.A.
Dª. Lidia Martín
AMGEN, S.A.
Dª Fina Lladós
BAYER HISPANIA, S.L.
D. Bernardo Kanahuati
BRISTOL-MYERS SQUIBB, S.A.
D. Roberto J. Úrbez
ERN, S.A., LABORATORIOS
D. David Solanes
FAES FARMA, S.A.
D. Francisco Quintanilla
GEBRO PHARMA, S.A.
D. Sergi Aulinas
GLAXOSMITHKLINE, S.A.
Dª. Cristina Henríquez de Luna
LILLY, S.A.
D. Nabil Daoud
ROCHE FARMA, S.A.
D. Federico Plaza
ROVI, S.A., LABORATORIOS FCOS.
D. Juan López-Belmonte
SANOFI-AVENTIS, S.A.
Dª. Raquel Tapia
Vocales
ABBVIE SPAIN, S.L.U.
D. Felipe Pastrana
ARTIS PHARMA, S.L.
Dª. Natividad Calvente
ASTRAZENECA FARMACEUTICA SPAIN, S.A.
D. Rick Suárez
BIOGEN SPAIN, S.L.U.
D. Christiano Silva
BOEHRINGER INGELHEIM ESPAÑA, S.A.
D. Peter Plöger
CHIESI ESPAÑA, S.A.U.
D. Giuseppe Chiericatti
ESTEVE PHARMACEUTICALS, S.A.
D. Jordi Muntañola
FARMASIERRA, S.L., GRUPO
D. Tomás Olleros
FERRER INTERNACIONAL, S.A.
D. Ricardo Jorge Castrillo
FERRING S.A.U.
D. Juan Carlos Aguilera Rodríguez
GLAXO WELLCOME, S.A.
D. Guillermo de Juan
IPSEN PHARMA, S.A.U.
Dª. Aurora Berra
JANSSEN CILAG, S.A.
D. Luis Díaz Rubio
LABORATORIOS MENARINI, S.A.
D. Ignacio González
MERCK, S.L.
D. Manuel Zafra
MERCK SHARP & DOHME DE ESPAÑA, S.A.
Dª. Ana Argelich
MUNDIPHARMA PHARMACEUTICALS, S.L.
D. Javier Barreiro
PFIZER, S.L.U.
D. Carlos Eduardo Murillo
REIG JOFRE, S.A., LABORATORIO
D. Ignasi Biosca
RUBIO, S.A., LABORATORIOS
D. Carlos Rubió
TAKEDA FARMACÉUTICA ESPAÑA, S.A.
D. Juan José Francisco Polledo
VIÑAS, S.A., LABORATORIOS
D. Antonio Buxadé
ARTIS PHARMA, S.L.
D. Jesús David Zapatero